Lediga jobb som Bioinformatiker i Lomma

Department of Plant Breeding
About the position
You will work within a NordForsk-funded project designed to generate practical insights into forthcoming climate dynamics across the Nordic and Baltic regions. The prime objective is to facilitate the adaptation of plant cultivars to the evolving climate conditions. Focusing on enhancing crop resilience in barley (representing cereals), red clover (representing forage crops), and potatoes (representing tuber crops). Led by The Norwegian Computing Center (NR), this project encompasses collaboration with partner institutions from Nordic research institutions and breeding organizations, alongside the Finnish Meteorological Institute.

Your responsibilities will encompass an array of tasks. These include the compilation and analysis of large volumes of genotypic and phenotypic data using advanced bioinformatic tools. Moreover, you will employ modelling techniques to predict the future yield potential of potatoes, barley, and red clover using regional climate projections of relevant growing season indicators.

Concurrently, your role may encompass guiding interns and students, and potential involvement in teaching. The position involves disseminating and publishing results for both public and scientific audiences on both national and international levels as well as in peer-reviewed journals.

Your profile
We are seeking a bioinformatician with skills in curating, managing, and integrating large-scale genotypic and phenotypic data from multiple public sources. The ideal candidate will have experience with cloud computing, data curation, workflow automation using tools like Snakemake, and the ability to implement scalable bioinformatics pipelines. Expertise in database management and integrating complex data for plant research is highly desirable.

You are eligible to apply for this position if you have obtained your doctorate and have a maximum of five years of post-graduate research experience related to plant breeding, genetics, bioinformatics or the like. Proficiency in programming languages R and Python and pipeline development of bioinformatic analysis tools is required.

You should be able to work as part of a team and individually, organise work efficiently and prioritize workload. Great emphasis will be placed on your personal qualities reflected in forms, such as curiosity, accuracy, cooperation, and ability to take initiative and work independently.

A good ability to communicate in spoken and written English is a requirement.

It is considered meritorious if you have knowledge and previous practical experience in plant breeding are meritorious.

A good ability to communicate in a Scandinavian language is also meritorious.

About us
The Department of Plant Breeding teaches and performs strategic and applied research on horticultural and agricultural crops with the aim of providing knowledge, tools and products for a bio-based economy, improved environment and human health. In the plant breeding division, we use a wide range of both conventional and modern breeding technologies, ranging from field experiments to evaluation of genetic diversity to genetic, omics, biotechnological, biochemical and physiological approaches.

For more information about the department or division visit: https://www.slu.se/en/departments/plant-breeding/

Read more about our benefits and working at SLU by visiting: https://www.slu.se/en/about-slu/work-at-slu/

Location:
Alnarp

Form of employment:
Fixed-term employment 12 months

Scope:
100%

Start date:
As agreed. 

Application:
Please submit your application before deadline 4 November 2024. You can submit your application by clicking the button below.

Union representatives:
https://internt.slu.se/en/my-employment/employee-associations/kontaktpersoner-vid-rekrytering/

 


The Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) has a key role in the development for sustainable life, based on science and education. Through our focus on the interaction between humans, animals and ecosystems and the responsible use of natural resources, we contribute to sustainable societal development and good living conditions on our planet. Our main campuses are located in Alnarp, Umeå and Uppsala, however, the university also operates at research stations, experimental forests and teaching sites throughout Sweden.

SLU has around 3,000 employees, 5,000 students and doctoral students and a turnover of over SEK 3 billion. We are investing in attractive environments on all of our campuses. We strive to provide a work environment characterised by inclusivity and gender equality, where different experiences generate conversations between people and pave the way for science, creativity and development. Therefore, we welcome applications from people with diverse backgrounds and perspectives. Visa mindre

Institutionen för växtförädling
SLU Institutionen för växtförädling bedriver forskning och utbildning kring globala utmaningar som påverkar våra försörjningsmöjligheter och vår livsmiljö. Avdelningen för växtförädling arbetar härvid med att kartlägga diversitet, genetik och effekter av interaktioner mellan genotyp och miljö, för olika  egenskaper hos växter. Vi använder oss sedan av denna kunskap för att med hjälp av konventionella och nya växtförädlingsmetoder ta fram ändamålsenliga sorter inom ekonomiskt betydelsefulla växtslag.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Arbetsuppgifter:
Betydelsen av små RNAs i växters interaktioner med mikrober är till stor del okänd. Du kommer att undersöka mekanismer för växt-mikrob-interaktioner med fokus på transporten av små RNA i filamentösa patogeninteraktioner med olika värdväxter. Du kommer att studera mekanismerna för korsrikstransport av små RNA mellan växt- och filamentösa patogener. Därmed får du den unika möjligheten att vara delaktig i ett projekt i nära samarbete med RNA-biologer och växtpatologer. Du kommer att ha möjlighet att utveckla nya kontakter med många forskare och intressenter genom olika seminarier och evenemang organiserade av SLU.

Kvalifikationer:
För denna position måste du ha ett forskningsfokus på små RNA, växter-mikrobiom-interaktioner, växtodling, bioinformatik eller liknande. Du bör ha förmågan att arbeta självständigt och i ett team. Du bör ha bidragit till forskning genom publikationer i peer review internationella tidskrifter. Tidigare erfarenhet av små RNA-studier är en fördel. Du bör vara motiverad, mycket intresserad av transport av små RNA- och växter-mikrob-interaktioner samt ha utmärkta engelska språkkunskaper (både muntliga och skriftliga).

Anställningen vänder sig främst till juniora forskare och med en doktorsexamen som är högst tre år.

Placering:
Alnarp

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 24 månader med möjlighet till förlängning

Omfattning:
100%

Tillträde:
Enligt överenskommelse.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 15 augusti 2022.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) är ett universitet i internationell toppklass med forskning, utbildning och miljöanalys inom vetenskaper för hållbart liv. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. Hos oss samlas människor med olika perspektiv men med det gemensamma målet att skapa de bästa förutsättningarna för en hållbar, levande och bättre värld.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden.

www.slu.se Visa mindre

Department of Plant Breeding
SLU Department of Plant Breeding performs research and education addressing global challenges affecting our livelihoods and the environment. The Plant breeding division works on putting traits into usable forms by understanding their diversity, genetics and their interaction with surrounding environment with the aid of conventional and advanced breeding tools. We apply this knowledge for the genetic betterment of cultivars of economically important crops.
Duties:
The role of small RNAs in plant-microbe interactions is poorly understood. You will investigate mechanisms for plant-microbe interactions with reference to small RNA transport in filamentous pathogen interactions with different host plants. You will study the mechanisms of cross kingdom transport of small RNAs between plant and filamentous pathogens. You will thus have the unique opportunity to be involved in a project in close collaboration with RNA biologists and plant pathologists. You will have the possibility to develop new connections with many researchers and stakeholders through various seminars and events organized by SLU.

Qualifications:
For this position, you must have received your PhD degree not more than three years prior to the deadline of this application and have a research focus on  small RNAs, plant- microbiome interactions, plant breeding, bioinformatics or similar. You should have the ability to work independently as well as in a team. You should have contributed to research through publications in peer reviewed international journals. Prior experience with bioinformatic skills and small RNA studies is a merit. You should be motivated, highly interested in small RNA trafficking and plant-microbe interactions and have excellent English language skills (both oral and written).

Place of work:
Alnarp

Form of employment:
Temporary employment as postdoc, 7 months

Extent:
100%

Starting date:
According to agreement.

Application:
We welcome your application no later than 2020-06-30, use the button below.

Selection among applicants meeting the requirements is made with reference to written application including curriculum vitae, copies of degrees and transcripts of academic records, a list of at least two references familiar with the applicant's qualifications, certified knowledge of the English language and an interview. If the applicant is a foreign citizen, we require a certified copy of the page in your passport with your personal data and photograph.

Academic union representatives:
https://internt.slu.se/en/my-employment/employee-associations/kontaktpersoner-vid-rekrytering/



The Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) develops the understanding and sustainable use and management of biological natural resources. The university ranks well internationally within its subject areas. SLU is a research-intensive university that also offers unique degree programmes in for example rural development and natural resource management, environmental economics, animal science and landscape architecture.

SLU has just over 3,000 employees, 5,000 students and a turnover of SEK 3 billion. The university has invested heavily in a modern, attractive environment on its campuses in Alnarp, Umeå and Uppsala.

www.slu.se

SLU is an equal opportunity employer. Visa mindre

Department of Plant Breeding
The Department of Plant Breeding at the Faculty for Landscape Architecture, Horticulture and Crop Production Science (LTV) at the Swedish University of Agricultural Sciences is looking for a bioinformatician who will handle research projects linked to several world-leading research groups at SLU Alnarp. The current position is part of an SLU effort, SLUBI https://www.slubi.se/, with several centrally coordinated bioinformatics positions. The person will be working with researchers in various subject areas at the LTV faculty.

The LTV Faculty has the main part of its activities at SLU Campus Alnarp, and is responsible for research, education, environmental analysis and external cooperation in the fields of landscape and horticulture. The faculty is also active in the areas of agriculture, food production, health, quality of life, environment and water. The faculty has six departments and several centers and other entities. SLU Campus Alnarp is located in Sweden's most dynamic agricultural, horticultural and food region. It is a few steps from the sea and near the student cities of Lund and Malmö and metropolitan life in Copenhagen. The Öresund region is in an expansionary phase where knowledge, education and research have a central meaning.

Read more about our benefits and what it is like to work at SLU at https://www.slu.se/en/about-slu/work-at-slu/

Duties:
The bioinformatician will be attached to the centrally coordinated bioinformatics support within SLU, SLUBI, and placed at SLU Campus Alnarp to interact with plant researchers and other bioinformaticians at SLU Campus Alnarp. The person will work in close collaboration with other computational and experimental scientists to design experiments, provide bioinformatics and computational help, as well as teaching, training and advice to SLU’s researchers and students.

Example of work tasks include to develop bioinformatic tools to analyze data from genomics experiments, and perform bioinformatics analyses, development and maintenance of bioinformatics pipelines and infrastructure on local data servers and on the national UppMax cluster, and perform different omics analysis on the data of plants, microbes and microbiomes.

Qualifications:
We are looking for a highly motivated candidate with an educational background in the fields of computational biology, molecular biology, genetics, statistics, computer and/or data sciences. A master's degree (or higher) or equivalent in related subjects together with relevant previous work experience in a bioinformatics research group is desirable.

The applicant should have experience with some of the following subject areas:


• Experience working with high throughput data, including NGS data.
• Strong programming skills and in-depth experience with several programming languages, such as Python, R, Perl, or C++.
• Experience with Unix/Linux environments, including shell scripting and High Performance Computing (HPC) cluster usage (local data servers, UppMax or similar).
• Experience in applying rigorous analysis methods to large-scale biological data, such as next-generation sequencing data.
• proteomics and metabolomics.

It is desirable that the applicant speaks one of the Scandinavian languages, but the working language is English and the person receiving the position is expected to be fluent in English in speech and writing. It is important that the candidate has ability to work independently as well has good skills in communication and collaboration as the work will be carried out in collaboration with many researchers and students. We will attach great importance to personal suitability.

Place of work:
Alnarp

Form of employment:
Permanent employment. SLU uses probationary employment.

Extent:
100%

Starting date:
15th August 2022, or upon agreement

Application:
We welcome your application no later than 2022-07-22, use the button below.

Academic union representatives:
https://internt.slu.se/en/my-employment/employee-associations/kontaktpersoner-vid-rekrytering/



The Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) is a world-class international university with research, education and environmental assessment within the sciences for sustainable life. Its principal sites are in Alnarp, Umeå and Uppsala, but activities are also conducted at research stations, experimental parks and educational establishments throughout Sweden. We bring together people who have different perspectives, but they all have one and the same goal: to create the best conditions for a sustainable, thriving and better world.

SLU has just over 3,000 employees, 5,000 students and a turnover of SEK 3 billion. The university has invested heavily in a modern, attractive environment on its campuses.

www.slu.se Visa mindre

Institutionen för växtförädling
SLU Institutionen för växtförädling utför forskning och utbildning inom globala utmaningar som påverkar vår försörjning och miljö. Avdelningen för växtförädling arbetar med att sätta egenskaper i användbara former genom att förstå deras mångfald och genetik med hjälp av avancerade verktyg för växtförädling. Vi tillämpar denna kunskap för genetiska förbättringar av viktiga grödor. Tjänsten är finansierad av SLU Grogrund - centrum för växtförädling av livsmedelsgrödor (https://www.slu.se/centrumbildningar-och-projekt/grogrund/).
Arbetsuppgifter:
Du kommer att analysera stora mängder genotypiska och fenotypiska data och tillämpa biometriska metoder för att studera genotyp x miljöinteraktioner för sjukdomar och andra agronomiska egenskaper hos vete. Du kommer alltså att ha den unika möjligheten att vara involverad i ett projekt i nära samarbete med växtförädlarna och därmed få förstahandsupplevelse av fördelarna och begränsningarna av genomiskt urval i en verklig fallstudie.

Kvalifikationer:
Behörig för att antas är du om du har tagit din mastersexamen högst sex år före deadline för denna ansökan och att du har haft forskningsfokus inom växtförädling, genetik, bioinformatik eller liknande. Tidigare erfarenheter krävs i markörutveckling för sjukdomsresistens i vete. Du ska ha god förmåga att jobba såväl självständigt som i grupp och du ska vara duktig på att kommunicera och skriva på engelska. Du bör vara motiverad och mycket intresserad av växtförädling och ska ha mycket goda kunskaper i engelska.

Placering:
Alnarp

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 4 månader

Omfattning:
100%

Tillträde:
September 2020

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 2020-06-28.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) utvecklar kunskapen om de biologiska naturresurserna, och hur vi kan förvalta och nyttja dem på ett hållbart sätt. Detta sker genom utbildning, forskning och miljöanalys, i nära samverkan med näring och samhälle. SLU är ett internationellt och forskningsintensivt universitet, men erbjuder också unika utbildningar som agronom, veterinär, jägmästare, miljöekonom och landskapsarkitekt.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden i Alnarp, Umeå och Uppsala.

www.slu.se

SLU eftersträvar mångfald och jämn könsfördelning. Visa mindre

Department of Plant Protection Biology
The Department of Plant Protection Biology at SLU Alnarp has more than 50 researchers and staff. Leading research is conducted in resistance biology, integrated plant protection and chemical ecology. The objective of the Resistance Biology Unit is to meet the future need to minimize the use of chemical fungicides, and the effects of climate change that lead to new plant diseases patterns and stresses. This project is in collaboration with the Department of Physical Geography and Ecosystem Science at Lund University and is part of NordPlant - a new Nordic Hub for Sustainable Agriculture and Forest Production in Future Nordic Climates. For more information see www.nordplant.org.

Duties:
In this project, spectral analysis and computer vision based on RGB and hyperspectral images from satellite, UAVs and handheld devices will be used to detect and quantify disease and the effect of drought in field-grown potato. Remote sensing data from both small pre-breeding and full-scale agricultural plots will be analysed. The work will partly be in close collaboration with stakeholders, since it is part of the Public Private Partnership the Plant Phenotyping Project.

Qualifications:
The candidate should have a PhD degree or equivalent related to the fields of bioinformatics, mathematics, physical geography, engineering or informatics and an interest in plants and agriculture. Previous experience in machine learning, remote sensing and image analysis is highly recommended. Excellent English language skills and a will to communicate with biologists is a must.

Place of work:
Alnarp

Form of employment:
Fixed term employment of 18 months, with possible extension.

Extent:
100%

Starting date:
According to agreement.

Application:
We welcome your application no later than 2019-04-28, use the button below.

Academic union representatives:
https://internt.slu.se/en/my-employment/employee-associations/kontaktpersoner-vid-rekrytering/



The Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) develops the understanding and sustainable use and management of biological natural resources. The university ranks well internationally within its subject areas. SLU is a research-intensive university that also offers unique degree programmes in for example rural development and natural resource management, environmental economics, animal science and landscape architecture.


SLU has just over 3,000 employees, 5,000 students and a turnover of SEK 3 billion. The university has invested heavily in a modern, attractive environment on its campuses in Alnarp, Umeå and Uppsala.

www.slu.se

SLU is an equal opportunity employer. Visa mindre

Institutionen för växtskyddsbiologi
Institutionen för växtskyddsbiologi vid SLU Alnarp har mer än 50 forskare och personal. Ledande forskning bedrivs inom resistensbiologi, integrerat växtskydd och kemisk ekologi. Inom enheten för resistensbiologi försöker vi hitta sätt att minimera användningen av kemiska fungicider samt hantera effekterna av klimatförändringar vilket kräver nya växtskyddsmetoder. Projektet sker i samarbete med Institutionen för naturgeografi och ekosystemvetenskap vid Lunds universitet och ingår i NordPlant - ett nytt nordiskt centrum för hållbart jord- och skogsbruk i framtida nordiska klimat. För mer information se www.nordplant.org

Arbetsuppgifter:
Projektet kommer använda sig av spektralanalys och computer vision baserat på RGB och hyperspektrala bilder från satellit, UAV och handhållna enheter för att detektera och kvantifiera sjukdomar och torkstress i potatis. Fjärranalysdata från både små försöksrutor för pre-breeding och fullskaliga odlingsfält kommer att analyseras. Arbetet kommer delvis att vara i nära samarbete med externa aktörer eftersom projektet är en del av Public Private Partnership-samarbetet Plant Phenotyping Project.

Kvalifikationer:
Sökande ska ha en doktorsexamen eller motsvarande med anknytning till bioinformatik, matematik, naturgeografi, teknik eller informatik och gärna ett intresse för växter och jordbruk. Tidigare erfarenhet av maskininlärning, fjärranalys och bildanalys rekommenderas starkt. Utmärkt engelska språkkunskaper och en vilja att kommunicera med biologer är ett måste.

Placering:
Alnarp

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 18 månader med ev. möjlighet till förlängning.

Omfattning:
100%

Tillträde:
Enligt överenskommelse.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 2019-04-28.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) utvecklar kunskapen om de biologiska naturresurserna, och hur vi kan förvalta och nyttja dem på ett hållbart sätt. Detta sker genom utbildning, forskning och miljöanalys, i nära samverkan med näring och samhälle. SLU är ett internationellt och forskningsintensivt universitet, men erbjuder också unika utbildningar som agronom, veterinär, jägmästare, miljöekonom och landskapsarkitekt.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden i Alnarp, Umeå och Uppsala.

www.slu.se

SLU eftersträvar mångfald och jämn könsfördelning. Visa mindre